第二部では、第一部とゲームの進行が多少異なります。ここでは、第二部の主な特徴を紹介します。
第一部ではシナリオが一本道で進みましたが、第二部はこれとは異なります。第二部では、開始直後のイベントを除き、プレイヤーの行動によってイベントが起こったり、イベントが起こる順番が変わったりします。そして、第一部に比べて若干自由度が高くなり、行っても行かなくてもいいダンジョンなども存在します。
あるイベントを進めていくと、ラストボス（倒すとエンディングとなり、ゲームクリア）が出現するダンジョンに行けるようになります。これ以外の第二部で発生するほとんどのイベントは、ゲームクリアには必須ではありません。
また、第一部では主人公の1人であったセネカが、第二部では完全に仲間の1人という扱いになります。第二部では、セネカと主役を交代する場面はありません。
第二部では、時間が1日きざみで表示され、第一部とは異なり、プレイヤーの行動によって時間が経過するようになります。
時間が経過するポイントは、主に「武器を作る」「鉱山で武器の素材を発掘」「店に立つ」「戦闘する（2回の戦闘で1日経過）」「自宅や宿屋で休む」「イベントで進行」などです。
また、時間の経過がイベント発生の条件になっていることが多いです。
クリフの武器屋には、第二部が開始すると、ユニというアルバイトが入ります。彼女と話せば、現在の売上額を確認できたり、店に立って客が来るのを待ったりすることができます。
また、依頼も第一部とは異なり、納期が日付で指定され、納品できないと失敗したりなども起こります。
新聞に広告を掲載できるようになるのも特徴のひとつです。
最後に、5月にはインテリア用品を売り出すショップが開店し、店の知名度を上げたり、店を飾り付けたりすることができるようになります。
武器屋の発展の状況は、イベント発生にも影響します。
第一部では4人での行動が基本でしたが、第二部では最大8人まで連れ歩くことができます。ただし、クリフは外すことはできません。
また、第一部ではパーティに加えるのにお金の支払いが必要だったキャラクターも、全員無料で使えるようになります。
決まったキャラクターだけで行動するのもよいですが、たまには違った人物と一緒に行動すると、何かが起こるかも知れません。
第二部で起こるイベントの多くは、「キャラクターエピソード」と呼ばれるものです。これは、仲間キャラクターにスポットをあてたイベントで、主役2人以外の10人分が存在します。
無条件で開始するポーシャ編以外は、発生に特定の条件があるイベントが多くなっています。