このページは特にネタバレです。なるべく、一度エンディングを見てから、参考のためにご覧になるようにしてください。
本作のエンディングは、クリアした時の隠しパラメータの高さや、終えたキャラクターエピソードなどによって変化します。エンディングは大きく分けて2種類です。
条件：シャイロック商会に返済不可能な借金がある（ヨシュア編でのユニの借金の分は免除される）
特殊なエンディング。シャイロック商会から融資を受け、さらにラストボスを倒した時点での所持金と預金がその金額を下回っていると、優先してこのエンディングになります。
ちなみに、ヨシュア編で強制的に背負わされることになるユニの借金については免除されます。返済途中でも、これまでに返済した分は借金の総額から引かれるようになっています。ただし、ユニからお金を返してもらった後は、免除されなくなります。ユニから返済があった後、放置したり使いこんだりしないように注意。
条件を満たすと通常のエンディングは見られないので、このエンディングを避けたい場合は借金には気を配ってください。
条件：バッドエンディングの条件を満たさない
通常はこのエンディングになります。基本的な内容は変わりませんが、クリアした時の状況によってシーンやセリフが追加されたり、変更されたりすることがあります。
エンディングでのシャイロックの評価は、店がどのくらい発展しているかで変わります。
知名度
・最高評価：言わずと知れた人気店
・高評価 ：大きめの店に匹敵
・普通評価：まずまずの知名度
・低評価 ：知名度は個人商店らしく低め
イメージ
・最高評価：抜群
・高評価 ：まずまずの好評
・普通評価：あと一歩
・低評価 ：殺風景
評判
・最高評価：最高の店
・高評価 ：売上も伸びている
・普通評価：そこそこ
・低評価 ：良い評価は得ていない
総合評価
・最高評価：強力な店
・高評価 ：十分な脅威
・普通評価：ありふれた店
・低評価 ：問題外
店の評価については、情報屋に聞けば予想は可能です（→「武器屋の発展」を参照）。また、シモンを救出している場合のシモンのセリフも、同じようにこの評価によって変化します。
以下の条件を満たすと、エンディングでの場面が増える、または一部変化することがあります。
・ヨシュア編クリア【ユニ、ベン、ミナ、ロイ／イワン、ドーラ】
・ミドリ編クリア【ミドリ／シャイロック】
・サーベント編クリア【サーベント】
・オリオン編クリア【オリオン】
・ツキカゲ編クリア【ツキカゲ／エディ】
・ファーディ編クリア【ファーディ】
・モディーバ編クリア【モディーバ】
・グリンダーとの対決（2戦目）クリア【リーガル】
・シモンの救出クリア【シモン】
・1．総合評価が最高評価または高評価
2．グリンダーとの対決（2戦目）クリア
3．ラストバトル時、メンバーにセネカがいた（戦闘に出したかどうかは関係ない）
以上3つの条件を満たす【クリフのエンディングの内容が変化】
・1．上記のクリフのエンディング変化の条件を満たす
2．モディーバ編クリア
3．シモンの救出クリア
以上3つの条件を満たす【ラストシーンの内容が変化】